Tout commence lorsque le héros du jeu (muet dans la plus pure tradition Megatenienne) et deux de ses amis s'inscrivent sur un site Internet plutôt louche nommé Nicaea. Quelques minutes plus tard, alors que les trois compères attendent le métro, ils reçoivent chacun un e-mail contenant une vidéo qui montre un train ayant un accident dans leur station et qui les écrase tous les trois. Et presque immédiatement après, la scène qu'ils viennent de voir est reconstituée juste devant leurs yeux ! Cependant, cette fois-ci un démon apparait et dévie le train, ce qui les sauve. Le groupe doit donc ensuite se défendre contre ces démons, et grâce à un mystérieux pouvoir, ils arrivent à les vaincre et créent même un "contrat" avec eux, ce qui leur permettra de les invoquer quand bon leur semble. Mais ils ne sont pas au bout de leurs surprises, et lorsqu'ils remontent à la surface, ils découvrent un Tokyo complètement en proie au chaos à cause d'un tremblement de terre qui semble avoir ravagé la plupart de la ville.
Qui sont ces démons ? Comment Tokyo a-t-elle été détruite et quel est ce mystérieux site Internet qui semble lié à tous ces évènements étranges ? Voilà les questions auxquelles nos héros vont devoir répondre afin de survivre et de prendre leur destin en main.
Suite à ce pitch plutôt classique, le scénario se révèle assez sympa et se laisse suivre de bout en bout sans jamais lasser, mais le tout manque quand même d'un souffle épique et ne décolle pas vraiment durant la trentaine d'heures qu'il propose. De plus, l'ambiance est plutôt légère, et les thèmes abordés assez éloignés de ce que propose la saga habituellement (pratiquement aucune référence à la religion). Au final, on se retrouve avec un traitement beaucoup plus proche d'un Persona que d'un Shin Megami Tensei dans le fond, contrairement au premier opus.