Chaotique développement que celui de Mother 3 ! Au tout début le jeu était prévu pour sortir sur Nintendo 64. Les premières informations et images apparaissent dès 1996-1997, et Nintendo comptait bien faire du jeu un fer de lance du nouveau module pour la console, le 64DD. Une démo fut même présentée lors de l'évènement Spaceworld, en 1999. Seulement entretemps l'équipe de développement, bien peu expérimentée, rencontrait de plus en plus de soucis avec l'exploitation de la nouvelle machine de Nintendo en plus d'une mauvaise maitrise de la 3D. De plus, l'échec cuisant du 64DD obligea Nintendo à annuler progressivement et à faire migrer les jeux prévus sur ce support vers un format cartouche classique, rajoutant une couche de difficulté à une équipe qui n'en avait pas vraiment besoin. Finalement le jeu sera annulé en l'an 2000, et c'est Shigesato Itoi, géniteur de la série, qui l'annoncera lui même en ne manquant pas au passage de lancer quelques piques à Nintendo. Il faudra attendre 2003 pour que le nom de Mother 3 refasse parler de lui, annoncé sur Game Boy Advance en même temps que la compilation Mother 1+2. Il y aura un peu moins de casse avec celui ci, qui sortira tranquillement en 2006. A noter que pendant les 10 ans séparant sa première apparition de sa sortie effective, Mother 3 a presque-toujours figuré dans le top 10 des « Most Wanted Games » du magazine Famitsu. Pas mal !
A noter également que grâce à la magie du web, il est possible de voir à quoi aurait pu ressembler ce jeu.